巧克力囊肿有可能会发生癌变，但癌变率一般不高，80%以上都属于良性的，需要做CA125检查，如果CA125越来越高，会有发生癌变的可能，要定期进行复查。囊肿是不是越来越大或是突然长大，若是从以前的只有2~3公分，突然长到8~9公分，要注意会有癌变的可能。虽然巧克力囊肿一般是良性的，但是仍然有癌变的趋势。所以有内膜异位的巧克力囊肿，应该观察，复查，还有防止癌变。
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