引起胸腺囊肿的原因包括： 1.先天性，比如先天性胸腺的发育不良，或者退化不良引起来的胸腺囊肿。 2.在胸骨劈开治疗心脏的疾病手术后，可能局部前上纵隔的感染，邻近胸腺组织的感染，引起胸腺囊肿，但相对比较少见。 胸腺囊肿是纵隔囊肿的一小部分，纵隔囊肿包括胸腺囊肿、支气管囊肿、食管囊肿等。根据部位的不同，来判断囊肿部分。胸腺囊肿一般不会引起任何症状，多数都是良性的病变，不需要采取手术治疗。
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