手足口病毒有少部分比较小的婴儿，容易并发病毒性脑炎，特别是肠道病毒71型容易并发脑炎。一般并发脑炎会有高热不退、呕吐、手抖、精神胃口不好甚至抽搐、昏迷等情况，一般需要住院治疗。发现手足口病病毒类型，腰穿、化验脑脊液、脑电图检查可以明确。一般轻症的病毒性脑炎，经过治疗是可以恢复正常的，有小部分因为延误治疗时机，会留有后遗症。如果没有并发病毒性脑炎，一般不用担心、脑受到损伤。
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