幽门螺旋杆菌阳性的患者，通常需要进行除菌治疗。除菌治疗的首选方案是标准的四联疗法。其中有2种药物是抗生素，患者可以选择阿莫西林、克拉霉素或左氧氟沙星等。如果是幽门螺旋杆菌的检测指标较高，甚至曾经治疗失败的患者，建议选用呋喃唑酮。患者还要应用艾司奥美拉唑、雷贝拉唑等质子泵抑制剂，以及铋剂。四联疗法的治疗疗程一般是14天，疗程结束后停药1个月，再复查幽门螺旋杆菌。
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