引起甲减的原因非常多。 婴幼儿的甲减主要是孕期母亲自身存在甲状腺抗体或缺碘、还有服用抗甲状腺药物引起。 成年人的甲减90%是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，使用抗甲状腺的药物以及甲状腺手术，还有甲亢碘131治疗所引起。还有过量摄入碘，都会导致甲状腺功能减退，从而也会造成成人的甲减。 还有继发性甲减，主要是中枢性甲减，包括垂体瘤、淋巴细胞性垂体炎，以及下丘脑的病变都可以导致甲减的发生。
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