高原反应主要与病毒性疾病如流行性感冒等进行鉴别，流感患者通常会有咽喉疼痛、打喷嚏、鼻塞、流鼻涕、发热、头痛等情况，高原反应一般不会发烧，没有上呼吸道其他症状，没有肌肉疼痛。此外晕车、急性胃肠炎，饮酒过量、剧烈运动、脱水也可以导致严重的头痛、恶心、呕吐，尿少等类似高原反应的症状，都需要进行鉴别。
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