原发性甲减和继发性甲减的区别主要是病变部位不同。 原发性甲减的病变部位是在甲状腺，继发性甲减的病变可能在垂体，是由于垂体病变使甲状腺激素减少引起的。 继发性甲减的症状可能更重，除了甲状腺功能减退，还可能出现肾上腺和涎腺功能减退。继发性甲减病变多是因垂体病变导致，如垂体肿瘤、垂体发育不全、垂体做了外照射、垂体缺血性坏死、垂体起源性病变、垂体空泡蝶鞍、垂体卒中等，会使自身促甲状腺激素产生和分泌减少，导致甲状腺激素减少。
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