除耐药的革兰阴性杆菌和真菌所致的心内膜炎外，多数患者可获细菌学治愈。但本病的近期和远期病死率仍然较高，治愈后的5年存活率仅60％～70％。10％在治疗后数月或数年内再次发病。未治疗的急性患者几乎均在4周内死亡。亚急性者的自然病史大于等于6个月。预后不良因素中以心力衰竭最为严重，其它包括主动脉瓣损害、肾衰竭、革兰阴性杆菌或真菌致病、瓣环或心肌脓肿等。死亡原常见心力衰竭、肾衰竭、栓塞、细菌性动脉瘤破裂和严重感染。
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