小肠镜主要检查小肠发生的疾病，如果怀疑有小肠疾病，就需要考虑（做）小肠镜检查。小肠镜检查可以选择两个方向，一个是经口做的小肠镜。另一个方向是经肛做的小肠镜。因为小肠长度比较长，5~6米，所以每一个方向检查，一般只能检测一半左右的小肠，甚至有一部分患者通过两个方向的检查，也不能做到全小肠的检查，中间可能还会有一些盲区。常见的需要做小肠镜的疾病，有小肠的肿瘤、部分的克罗恩病患者，还有消化道的出血、小肠的异物等等，这些都可以通过小肠镜来诊断或者治疗。
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