肾囊肿对于肾功能的损害是极少的。除非是肾囊肿危机集合系统，导致流出道狭窄，造成肾积水，或者是压迫脉管系统，导致肾缺血。这种病人，还需要两侧的肾囊肿同时作用，才会导致肾功能。因为正常人有两个肾，只要其中有一个肾正常工作，大部分检测的肌酐、尿素氮这种肾功能指标，都不会有变化。除非这两侧肾都遭受破坏，抽血查的肌酐、尿素氮才会升高。极少有患者因为肾囊肿造成肌酐升高，但是有个别的，就是所谓肾囊肿中的特例，叫做多囊肾。多囊肾的病人在后期会导致双侧肾功能损伤，会造成肌酐升高。
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