大部分重症肌无力患者需要进行手术治疗。重症肌无力患者约有95%的几率会出现胸腺的异常，其中10%~15%的患者会合并胸腺瘤。如果具有手术的指征，同时没有太多的反指征，建议患者尽量进行手术治疗。 对于全身性的乙酰胆碱受体抗体阳性的重症肌无力患者，术后比没有进行手术的患者使用的激素量要少，临床的症状也更容易改善。 所以，对于18到65岁的乙酰胆碱受体抗体阳性的重症肌无力患者，通常建议进行手术治疗。
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