肝囊肿一般是先天性的，不会癌变。肝囊肿的本质是肝脏里出现囊性占位性病变，有患者多发，也有患者单发，有少部分患者既有肝囊肿，也有肾囊肿。不论是肝囊肿还是肾囊肿都不会癌变，也不会转成原发性肝癌。 因为大部分原发性肝癌是由于慢性乙肝、慢性酒精肝或者慢性丙肝造成。而肝囊肿患者很少出现乙肝、丙肝等病理情况，只是会出现先天的水泡，所以肝囊肿不会发生癌变。
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