胃旁路手术会存在相关的并发症，就是常说的副作用。远期的副作用是术后的营养相关并发症，也就是术后对于某一些维生素、微量元素吸收会障碍。 首先，胃的远端和十二指肠的旷置，容易出现维生素B12、叶酸还有铁剂吸收障碍。 因为旷置了大量的小肠，容易出现营养物质的吸收障碍，容易出现贫血、微量元素的缺乏，有一些严重的并发症，甚至难以纠正。 术后要鼓励病人坚持规律的随访，同时要改变生活方式，随访期间注重营养不良的预防和治疗。
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