急性胃肠炎患者低烧，通常是由于病毒性或细菌感染所致。如果血常规提示病毒感染，可能由于诺如病毒或轮状病毒感染引起，应用抗菌药无效，因为急性病毒性胃肠炎是自限性疾病，在出现腹痛、腹泻、恶心呕吐等症状后，给予对症治疗即可。通常3~7天以上，症状可自行缓解。若血常规提示有细菌感染，应及时用抗菌药治疗。通过抗菌药治疗，体温可以逐渐恢复到正常水平。急性胃肠炎患者低烧时，应及时到医院做血常规、电解质、大便常规等检查。若反复低热发作，应请专业消化科医生检查具体病因。
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