肠道菌群失调的检查，主要是实验室检查，进行菌群分析为主要的检查方法，包括定性分析和定量分析，通过菌群分析检查出菌群比例失调，有助于诊断，细菌培养培养出致病菌的病原体，也可以明确病因。结肠镜检查可见肠黏膜出现弥漫性充血，水肿、血管分支模糊不清或者消失，有散在的糜烂、溃疡以及出血、有时可见黄色假膜附着。
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