1.一个方面是对于病原学进行检查。可以通过痰培养、痰涂片、痰找结核菌，以及真菌涂片和培养来帮助判断。通过支气管镜的毛刷活检，或者是灌洗来进行培养、涂片，甚至可以进行分子生物学来决定病原学。2.进行宿主检查，主要是判断基础疾病，有没有糖尿病，有没有其他的一些感染性的疾病，包括像艾滋病，以及其他的一些肿瘤或者血液系统的病。3.进行肺功能的检测，有没有慢阻肺或者哮喘。查病人有没有一些特殊的情况，通过高分辨CT，看一看是否合并有支气管扩张或者其他的。
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