胆管囊肿不是癌症，但是会有发生癌变的可能，随着年龄的增长不断增加。在年幼的时候，癌变的机会比较小，可以达到百分之几的个位数。随着年龄的增加，以10年一个分段，发生癌变的几率会不断增加。如果到五六十岁的时候，发生癌变的几率可以从6%~20%、30%这样子上升。在临床当中确实看到有很多的病人长期没有治疗，或者是经过不适当的治疗，反复炎症的基础上发生胆管囊肿癌变的情况。
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