角膜移植术后，患者需要应用一年以上的激素、环孢素、FK506等免疫抑制剂。如果患者是高危人群，还可以口服抗排斥的药物。 一旦出现排斥症状，无论是内皮排斥、肌质排斥或上皮排斥，均应加大局部的激素、环孢素、他克莫司类药物、免疫抑制剂等药物的用量，并根据排斥程度，选择局部滴眼药水、结膜下注射或静脉给药等治疗。 角膜移植术后是否会出现排斥，需要因人而异。角膜上没有血管，术后的排斥率较低。如果是由于圆锥角膜或单纯的外伤所导致的角膜损伤，不存在明显的炎症表现，排斥率会相对更低。
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