直肠镜是专门借助于直肠专用的直肠镜进行检查，会有一定的不适感，尤其做肛门镜时直径要1.5厘米左右，塞进肛门里，会有比较坠胀或相对比较疼痛的感觉，一般与检查者的经验手法相关。其次，在肛周脓肿或肛裂情况下，不做肛门镜或直肠镜检查，因为疼痛会比较明显。而判断痔疮像观察内痔，或看有没有直肠炎、息肉时，要进行肛门镜或直肠镜检查。因为只有直观下面才能看到痔疮的形态，是否有糜烂、出血等，才能看到息肉的位置，看到肿瘤的位置、形状等等。
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