肝囊肿的外科手术方式，主要是开窗去顶和肝部分切除术。但绝大多数进行开窗去顶的患者都会复发，因为周围的组织一旦发生粘连，会把开的窗盖起来。 开窗去顶引流一般是把肝脏囊肿距离表面较近的肝脏组织或囊壁去除，使肝脏囊肿和腹腔相通，囊内分泌的液体会流到腹腔，通过腹腔来吸收。 很少一部分患者会进行肝部分切除术，即切除肝囊肿和部分肝组织，但好处是不再有囊肿，也不会再有液体分泌到腹腔。
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