肛门里面疼的原因很复杂，除明确常见的肛门疾病，如痔疮、肛裂导致的疼痛以外，其他的肛门直肠痛还有很多原因，甚至大多数找不到原因。因此命名为盆底痛，或者痉挛性肛门疼痛。简单的肛门痛，有可能是神经性原因，也可能是肛门周围肌肉，或者盆底肌痉挛导致的疼痛。盆底周围痉挛痛，有可能是盆腔、妇科、泌尿系、前列腺的问题所致。另外，还有骨科的问题，如尾骨周围炎症、尾骨损伤。大部分肛门里面疼，目前还不能明确病因，找不到致病因素，所以治疗上只能对症治疗。
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