冠状动脉终止异常的主要治疗方法，是进行外科手术。在临床上，提倡冠状动脉终止异常一经发现，需要及时到医院进行手术治疗。如果拖延治疗，患者可出现严重的并发症，包括充血性的心力衰竭、心肌缺血，以及循环障碍，甚至危及患者的生命。冠状动脉终止异常相关的手术方法，主要有以下几种：第一，冠状动脉切开缝闭术。第二，经心腔切口缝闭冠状动脉瘘口术。第三，冠状动脉结扎术，这种手术方式适用于症状较轻的患者。第四，冠状动脉切开瘘口封闭术。
