自身免疫性胰腺炎合并脑梗死,首先可选择手术治疗。如果出现明显的胆管狭窄,又或者无法控制的黄疸,可以选择胆管空肠吻合术。如果是急性期导致胆汁没有办法流出,合并脑梗死,就应该尽快选择内镜治疗,有效改善肿大的胰腺。急性发作期间,如果出现一系列的症状,首先就应该尽可能选择药物治疗,也需要给予高热量的静脉输液。缓解期可以适当选择口服药物,一般在选择正确治疗方法之后,并不容易出现严重的风险,必要的情况下也可以适当的选择消化酶治疗。