马尔尼菲青霉菌病是有后遗症的。如果治疗不及时，可能会导致出现贫血、头痛、意识模糊等现象。这种情况主要是因为这种真菌分泌了一定的毒素，而毒素进入血液而引发的一种感染性质的改变，严重者会引发感染性休克。而且这种疾病有可能会引发全身毛细血管内部的血栓形成，有可能会因此而影响生命，个别人群会因为应激反应而导致多功能的器官衰竭。所以建议出现这种疾病之后，一定要在医生的指导下足疗程、足用量的使用药物治疗，避免后遗症状产生，对人体不利。
