假两性畸形的患者治疗方式主要是外科手术治疗,且手术难度均大,有的需要多学科治疗。包括泌尿外科、普外科、妇产科医师协同治疗。手术根据患者主要内生性器官的发育水平而决定,需要有经验的泌尿外科医师来决定,还有就是患者的依从度。有些患者的生殖系统只有睾丸,且伴随着发育不良,即睾丸小,且大部分患者为隐睾,睾丸功能低下,或者完全无功能。隐睾手术尽早做,因为如不尽早做,首先影响其发育,再就是睾丸发生癌变的几率较正常存在于阴囊的睾丸的要大。