肛周脓肿伴肛瘘：首先，需要明确肛周脓肿与肛瘘之间是否有关系。如果肛瘘和肛周脓肿之间没有关系，就应该先治疗肛周脓肿，通过手术将肛周脓肿切开引流，后期其会发展成为肛瘘，三个月后就可以行肛瘘手术，而且可以连原有的肛瘘一并手术。也可以行肛周脓肿一次性根治术，在三个月后再行原有肛瘘手术。其次，如果肛周脓肿是由于肛瘘出现急性化脓性感染所引发的，可以先采取保守治疗，使用抗生素控制局部感染。并且将肛瘘的外口切开，使脓液引流出，待急性感染症状缓解后，再行肛瘘手术治疗。
