肛瘘有可能会引发其它疾病：首先，肛瘘患者会出现瘘管内反复的感染，而当肛瘘外口愈合后瘘管内出现感染，就有可能会引发肛周脓肿。其次，严重的肛瘘范围比较广，会导致肛门周围瘢痕增生，从而影响肛门括约功能，导致肛门狭窄或者肛门失禁。再次，肛瘘会出现反复的肛门周围流脓，脓液的刺激会导致肛门周围出现肛周炎、肛周湿疹等等疾病。会引发患者出现肛门周围潮湿、瘙痒、疼痛等等症状。另外，肛瘘还有可能会出现恶变而导致恶性肿瘤，特别是病史超过十年以上的肛瘘。
