小袋纤毛虫病主要通过人进食被寄生虫污染的食物感染,故此病的症状主要以肠道症状为主。患者可以表现为腹痛、腹泻的症状,有些患者可以表现为脓血便,伴有里急后重的症状,患者同时可以伴有恶心、呕吐、发热等症状,严重的腹泻可以导致患者出现食欲减退、乏力。有些患者的病情症状较重,可以并发腹膜炎、阑尾炎,严重的可以发生肠穿孔,部分患者的病程较长,可以导致患者出现身体消瘦,有些患者可以出现贫血的症状。