健康人的肠道内寄居着多种微生物,构成巨大而复杂的生态系统。当正常的肠道菌群在机体内外环境发生变化或机体受到某些因素影响后,破坏了肠道菌群的比例组合,扰乱了各菌间相制约的生态平衡,敏感菌被抑制。未被抑制的细菌繁殖,从而出现菌群失调,称为肠道菌群失调征。肠道菌群失调征可通过大便培养发现,如白色念珠菌群性肠炎是肠道菌群失调征最常见的一种。另外还有葡萄球菌性肠炎、产气夹膜杆菌性肠炎、绿脓杆菌性肠炎、变形杆菌性肠炎和肺炎杆菌性肠炎。