亚急性甲状腺炎的病因一般认为是病毒感染，多数患者是由于上呼吸道感染以后紧接着起病。发病时患者血清中某些病毒的抗体滴度是升高的，包括了柯萨奇病毒、EB病毒、腺病毒、流感病毒和腮腺炎病毒等，当病毒波及到甲状腺可以引起甲状腺发炎。患者早期可以出现上呼吸道感染的相关症状和体征，另外还会出现甲状腺部位的疼痛和压痛，并且疼痛会向核下、耳后、颈部等这些部位放射。除此以外，患者还会出现甲亢的表现，逐渐随着病情的进展会发展到甲减，最后再过渡到甲状腺功能正常。
