在临床当中多种细菌都可以引起呼吸道的感染。如果病人是社区发病常见的致病菌，包括肺炎链球菌、卡他莫拉杆菌，以及流感嗜血杆菌等。如果病人是医院获得性感染，阴性杆菌相对常见，比如肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、变形杆菌等均可引起呼吸道的感染。甚至还有可能是一些耐药的球菌，包括粪肠球菌、屎肠球菌，以及金黄色葡萄球菌等，均可引起呼吸道的感染。呼吸道感染还有可能是其他一些致病菌，包括支原体、衣原体等特殊的致病菌，以及病毒、真菌等均可引起呼吸道的感染，这些也需要针对性地处理。
