肛瘘难以自愈的原因主要为以下几点:1.肛门部位难以静养,人体每天都需要排尿、排便,当排尿、排便时患者的括约肌会发生收缩,容易使肛瘘加重。2.人体肠腔中的肠液、气体或粪便,容易进入瘘管,对管壁造成刺激,致使管壁增生、增厚,导致管腔很难闭合。3.存在内口,如果脓肿已经发生破溃并切开引流,但感染源依然存在,比如肛腺感染、肛窦炎没有治愈,肠腔内容物仍旧会通过内口进入瘘管。所以,出现肛瘘一定要引起重视,应积极对症治疗,防止发展到后期出现喷血、喷粪等症状。