肛瘘如果迁延不愈、反复发作,会容易引起肛门失禁,由于反复的炎症刺激会对肛门括约肌造成损伤,而导致肛门括约肌的舒张能力下降,引起肛门失禁,导致不能控制粪便。肛瘘出现反复的脓性分泌物流出肛门后,会刺激肛周的皮肤引起局部瘙痒,形成肛周湿疹,脓液流出感染肛门周围,引起肛门疼痛灼热感。女性的阴道与肛周位置较近,反复的炎性分泌物,流到阴道口容易诱发各种妇科疾病,比如盆腔炎、阴道炎、子宫内膜炎等,反复发作的肛瘘还可能引起直肠阴道瘘和直肠膀胱瘘,也有可能发生癌变。