激光治疗手术也存在一定的风险。主要是术后出现屈光欠佳或过矫,屈光的回退,产生干眼症。出现光学像差的相关主诉,例如眩光、光晕、单眼复视等等。还有可能出现角膜上皮下雾状混浊,角膜上皮植入;弥漫性的层间角膜炎。角膜瓣相关的并发症,如瓣的移位或丢失、瓣皱褶、瓣下异物残留等等。术后一周至数年不等,可能发生进行性角膜扩张。角膜变薄,下方角膜变陡、角膜曲率增加,与圆锥角膜表现相似。最严重的并发症主要是感染性角膜炎,与术前存在睑缘炎、长期应用激素等等因素有关。