巧克力囊肿的确诊主要综合以下几点分析：一、从症状上来看，女性出现进行性加重的痛经、性交痛、不孕、排卵障碍、腹部包块等现象。二、从体征上发现子宫正常大小、附件区可触及到囊性包块，其压痛较明显。三、超声检查、核磁共振或CT检查均可在附件区见囊性包块，抽血测CA125较正常范围升高。四、进行手术治疗后的囊肿组织，病理学检查可做出最终的判定，也是诊断卵巢巧克力囊肿的金标准。因此，对于其确诊是需要综合分析的。
