停经90天后自然流产了可能有以下几点原因:1.在怀孕的早期剧烈的运动、熬夜、过度劳累都可能造成自然流产。2.胚胎的卵子或者精子异常。3.体内雌激素不足,不能支持胚胎生长发育。自然流产后要去正规的医院进行检查,查看子宫内是否有残留。在孕前要做好准备,养成良好的作息规律,在怀孕的前三个月是危险期,孕妇一定要注意休息、避免劳累、定期产检。最好计划性怀孕,在怀孕的前三个月开始服用叶酸。