肛门微痛是由多种原因引起的。首先，考虑可能是因为近期饮食有关，食用辛辣的食物，这些辛辣的介质，导致排便时会刺激肛门引起肛门疼痛。其次，肛周出现炎症，炎症刺激局部的皮肤引起糜烂而导致局部疼痛；痔疮也会引起肛门局部微痛，内痔在急性发作期充血、水肿，并会脱出肛门引起疼痛；外痔发炎局部也会出现疼痛。如果存在有肠炎，由于排便次数过多，粪便会刺激肛门局部娇嫩的皮肤而引起糜烂，也会导致肛门部位出现疼痛。日常要注意肛周的清洁、干燥，便后用温水清洗、坐浴，可以缓解肛门疼痛。
