舌咽神经痛的症状相对比较典型，患者多出现一侧的扁桃体、咽喉处或是舌根等位置的针刺样疼痛，且疼痛常累及耳道的深部。患者的疼痛可由说话、打喷嚏、打哈欠等行为诱发。疼痛较为剧烈，被形容为刀割、电击样的阵发疼痛，一般疼痛可持续几秒到几十秒不等。此外，部分患者还有可能出现唾液腺分泌唾液增加、咽喉部痉挛或是吞咽困难等伴随症状。
