慢性结肠炎的患者如果出现腹痛，要是疼痛较为剧烈，可以暂时服用解痉止痛类的药物缓解，同时要减少食物的摄入量，必要时可暂时禁食，给胃肠减轻负担，可以通过肠外补液的方式补充营养。要做细菌培养，找到较敏感的药物进行抗感染治疗，比如环丙沙星、甲硝唑等。同时配合肠道益生菌，比如布拉氏酵母菌、双歧杆菌四联活菌片调节肠道的内环境，肛门内也可以给予塞美沙拉秦栓。要是患有消化不良，可以口服乳酸菌素片、整肠生治疗。
