肛门两侧疼可能是以下一些原因所导致的:首先,肛周炎。由于肛门周围皮肤出现感染所引发的,会导致皮肤红肿,严重的会引发糜烂甚至溃疡,会伴有肛门两侧疼痛的症状,而且还会伴有肛周潮湿。其次,肛周湿疹以及皲裂等。属于肛门周围变态反应性皮肤病,也会并发真菌感染,导致肛门两侧疼痛的症状。再次,肛周化脓感染性疾病。一些范围比较广的肛周脓肿,例如马蹄状肛周脓肿也会导致肛门两侧疼痛,而且疼痛剧烈。另外,也有可能是痔疮、肛瘘等疾病所引发。患者需要去医院就诊,明确原因后再采取相应的治疗。