假膜性肠炎的治疗包括一般治疗、药物治疗以及手术治疗。一般治疗主要是避免诱因,需要避免滥用抗生素,同时也需要给患者使用恢复肠道正常菌群功能的药物,可以给患者服用肠道微生态制剂。如果有出现脱水以及酸碱平衡失调,建议纠正脱水以及酸中毒,必要时需要补充血浆以及白蛋白。药物治疗主要是针对病情较为严重的患者,有可能需要给患者选择万古霉素以及甲硝唑等药物缓解。手术治疗主要是针对非手术治疗,病情没有改变,并且出现肠梗阻、肠穿孔等严重并发症的患者。