结缔组织疾病会导致胃肠道的有硬皮病、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等,其中以硬皮病最为突出。可选择药物治疗,分为几种情况:第一,硬皮病患者:使用抗生素抑制腹腔内细菌繁殖,能让特征性的粪内脂肪和维生素B12吸收障碍,在短时间内恢复正常。第二,系统性红斑狼疮:选择药物治疗以肾上腺皮质激素、硫唑嘌呤为主。第三,结节性多动脉炎:用强的松可缓解胃肠道症状。如果没有明显肠出血,可用抗凝剂;但肠道大出血或肠道穿孔者,需要急诊手术治疗。