巧克力囊肿的患者可以接种新冠疫苗。因为巧克力囊肿，是因为子宫内膜异位到卵巢后，由于子宫内膜在雌激素和孕激素刺激下，发生周期性出血，在卵巢上面形成的囊肿。这是一种比较常见的妇科疾病，主要和子宫内膜异位有关系。接种新冠疫苗后，对疾病不会产生太大影响。而且，这种疾病也不会影响新冠疫苗的接种效果。但是，因为患有巧克力囊肿的女性，会出现明显的痛经症状。所以，建议女性避开月经期接种新冠疫苗比较好。
