甲癣长期不治，可能会造成自体传染，如果本身只有一个指甲为甲癣，如果长期不治，则可能会导致多个指甲都被真菌感染而患上甲癣。也可能会形成足癣、手癣、体癣等真菌病。还可能会导致指甲变形、疼痛、破损，甚至造成指甲剥脱。
如果甲癣的病情加重，还可能会并发甲沟炎，引起剧烈的疼痛症状，尤其在走路时会加重疼痛感。此外，不治疗还可能会传染给家人，导致家人也因此患上甲癣。因此，当出现甲癣时，应积极进行治疗，主要是应用抗真菌的药物，控制真菌，促使甲癣快速恢复。
